《鱼》故事讲述在女主角华织与两同伴到冲绳海边旅游，在别墅中，她们竟然发现一条有脚的鱼，虽然华织用桌子把它砸死并扔掉，但腥臭却还在，而且鱼的尸体也不翼而飞，女主角被尸臭感染，最终死去，世界也被鱼身上的“脚”所占领，成千上万的人都被鱼身上的”脚“所控制，是一个灾难性的故事。动画版的《鱼》和漫画版原作基本保持了相同的故事主线，只是对其中部分人物和叙事顺序进行了改动感性的人来拍电影就是这样，对情绪的控制力能够准确地捕捉到贴近你我生活的喜怒哀乐，并加倍地呈现出来，堆叠直到高潮。女主角华织与其好友亚纪，惠理香去冲绳海边进行毕业旅行，意外发现一种散发恶臭的步行鱼。随着时间的推移，步行鱼开始大量在冲绳附近海岸登陆，担心未婚夫阿忠的华织只身回到东京，发现那里也变成了步行鱼的天下。在飞机上与华织相识的记者白河为了能获得更多有关步行鱼的信息，而与华织一同前往寻找阿忠。在经历了一系列与步行鱼生物的激烈对抗后，二人终于抵达了阿忠叔叔小柳教授的研究室。白河拿到了小柳对于步行鱼的绝密研究，华织也在研究室内发现了被不明病毒感染的阿忠。华织和白河从小柳口中得知，原来步行鱼是日本在二战时期研究的秘密武器，但运载其的舰船被炸沉在冲绳附近海域。这种秘密武器还带有一种神秘病毒，感染的生物将会在身体内部产生大量瓦斯，从而推动步行机器的运动。已经感染的阿忠失去了控制，刺死了小柳，华织和白河追随其来到了大街上。此时绝大部分的人都遭到了感染，变成了全身肿胀且不停喷出恶臭瓦斯的惨状。华织的朋友惠理香变成了步行感染者，亚纪葬身于步行鱼池中。阿忠受到其他感染者围攻而死，白河也受到了感染，最后只有华织一人得以逃脱，和其他未被感染者一起乘船离开日本。然而在影片的最后，步行感染者已经遍布了全世界。面对着的充满瓦斯的世界，华织只能轻叹着“我已经习惯了...”