故事描述小智与皮卡丘、艾莉丝、天桐一行人正搭乘火城前往洛祥的旅途中,在行经山区时发现一只从未见过的神奇宝贝,但它却受了伤一动也不感性的人来拍电影就是这样,对情绪的控制力能够准确地捕捉到贴近你我生活的喜怒哀乐,并加倍地呈现出来,堆叠直到高潮。。其实它正是被称为三位圣剑士的后继者,梦幻的神奇宝贝‧凯路迪欧。就在此时,最强的龙系神奇宝贝酋雷姆突然来袭!面对能变换成焰白酋雷姆与闇黑酋雷姆两种型态,并拥有压倒性力量的酋雷姆,小智一行人千钧一发逃过酋雷姆的追击。面对酋雷姆的穷追不舍,在行进列车与飞行船间发生战斗,他们能否战胜这次的强大挑战呢?